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在於健保法第31條第1項第2款、第3款的但書規定,這是一個不容易理解的法條結構,對沒有受過法學基礎訓練的人而言,經常會在但書規定打結。以下節錄健保法第31條並說明如下:

第一類至第四類及第六類 保險對象 有下列 各類所得 ,應依規定之補充保險費率計收補充保險費,由扣費義務人於給付時扣取,並於給付日之次月底前向保險人繳納。但單次給付金額逾新臺幣一千萬元之部分及未達一定金額者,免予扣取:
1.所屬投保單位給付全年累計逾當月投保金額四倍部分之 獎金。
2.非所屬投保單位給付之薪資所得。但第二類被保險人之薪資所得,不在此限。
3.執行業務收入。但依第二十條規定以執行業務所得為投保金額者之執行業務收入,不在此限。
4.股利所得。但 已列入投保金額計算保險費部分,不在此限。
5.利息所得。
6.租金收入。


扣費義務人因故不及於規定期限內扣繳時,應先行墊繳。
第一項所稱一定金額、扣取與繳納補充保險費之方式及其他應遵行事項之辦法,由主管機關定之。
就上述法條第1項第2款、第3款但書規定:「2.非所屬投保單位給付之薪資所得。但第二類被保險人之薪資所得,不在此限。3.執行業務收入。但依第二十條規定以執行業務所得為投保金額者之執行業務收入,不在此限。」,其所謂的「但……不在此限」,是意謂「第二類被保險(指職業工會會員)、第二十條規定以執行業務所得為投保金額者(即本文發問者指稱之個人工作室的人),不用扣取補充保費」,不再重複以其薪資所得(或執行業務所得)計收補充保險費;但如有股利所得、利息所得或租金收入,仍有被拾取補充保費的問題。

提供一則主管機關Q&A,供參考:

第二類被保險人為無一定雇主或自營作業而參加職業工會者,其係以該職業工會為投保單位並按全民健康保險投保金額分級表第6級(投保薪資為21,900元)起自行申報投保金額,繳交健保費。
因該等被保險人已用其薪資所得(或執行業務所得)自行申報投保金額計繳健保費(一般保費、基本保費),並因該等所得非屬其投保單位支給,而係由其他單位或自然人所給予,故不再重複以其薪資所得(或執行業務所得)計收補充保險費。